A Câmara do Rio trabalha por legislatura, que é o período de quatro anos em que o parlamento carioca exerce as atribuições previstas na Lei Orgânica do Município. Cada legislatura é dividida em quatro sessões legislativas, que vai, cada uma, de 15 de fevereiro a 30 de junho e de 1º de agosto a 22 de dezembro de cada ano.

A lei que regula o funcionamento da Câmara, definindo regras e procedimentos próprios sobre a estrutura, a organização e a elaboração das leis municipais é o Regimento Interno. Quem tem por função fazê-lo cumprir, interpretá-lo nos casos omissos, supervisionar os trabalhos legislativos e definir a pauta de proposições a serem deliberadas pelo Plenário é o Presidente da Casa. Ele preside também a Mesa Diretora, órgão colegiado integrado por cinco vereadores, com mandato de dois anos, que tem por atribuição coordenar os trabalhos administrativos e parlamentares, bem como promulgar as emendas à Lei Orgânica do Município e propor alterações ao Regimento Interno.

É importante ressaltar que o órgão máximo de deliberação da Câmara é o Plenário. Nele os representantes do povo, reunidos em sua totalidade, discutem e votam soberanamente as proposições em tramitação. Entretanto, seu funcionamento depende do trabalho das Comissões e de setores responsáveis pelo processamento legislativo, como a Secretaria-Geral da Mesa Diretora e a Diretoria de Apoio Legislativo.

As Comissões são órgãos destinados a proceder a estudos, realizar investigações e representar a Câmara em eventos externos. Cabe a elas apresentarem proposições, realizar audiências públicas com entidades da sociedade civil e receber petições, reclamações, representações ou queixas de qualquer pessoa contra atos ou omissões das autoridades públicas. As Comissões podem ser permanentes ou temporárias. Atualmente, a Câmara do Rio possui 23 Comissões Permanentes. São elas:

As Comissões temporárias são criadas para tarefa específica, com prazo certo de funcionamento, devendo extinguir-se ao término da legislatura ou antes disso, se alcançado o fim a que se destinava ou expirado o prazo previsto para sua duração. Elas se dividem em Comissões Parlamentares de Inquérito (CPI) e as Comissões Especiais.

As Comissões Parlamentares de Inquérito apuram ou investigam, por prazo estipulado, fato determinado que se inclua na competência da Câmara Municipal e são constituídas, independentemente de votação, sempre que houver requerimento assinado por, pelo menos, um terço dos membros da Casa. A CPI tem entre suas atribuições determinar diligências, perícias e sindicâncias, ouvir indiciados e testemunhas, solicitar audiência de vereadores e convocar secretários municipais para depor, requerer ao Tribunal de Contas do Município a realização de inspeções e auditorias que entender necessárias e estipular prazo para o atendimento de qualquer providência ou realização de diligências sob as penas da lei.

Já as Comissões Especiais destinam-se à elaboração, apreciação e estudo de questões de interesse do Município e de tomada de posição da Câmara Municipal em outros assuntos de reconhecida relevância.